Хотя огромную часть игры Гордону приходится биться одному, как и в первом Half-Life, в неких участках он пользуется помощью союзников. По большей части это члены Сопротивления, но еще встречаются и дружественные вортигонты, и, как было замечено выше, муравьиные львы. В неких главных локациях Гордон встречается с наиболее необходимыми NPC, таковыми как Аликс Вэнс, Барни Калхаун и бот Аликс — Пес.

Основная тема и мир Half-Life 2 напоминают Оруэлловскую антиутопию, со почти всеми заимствованиями из почти всех произведений научной фантастики либо постапокалиптики. Почти все детали этого стиля оставлены на трибунал игрока:

Глава 13: Черная энергия (англ. Dark Energy), в другом переводе Перегрузка Черной Энергии) — капсула с Гордоном поднимается на верхние этажи Оплота, потом останавливается и в помещении врубаются силовые поля, конфискующие орудие;

Глава 12: Наши Покровители (англ. Our Benefactors) — Гордон пробирается в Оплот под землей через канализационные каналы. Он попадает в тупик, и ему приходится путешествовать далее в транспортировочной ячейке, передвигающейся куда-то в лабиринтах Оплота. В конце поездки Гордон попадает в конфискационное поле, и все его орудие, не считая гравитатора, отбирается и уничтожается.

Глава 11: «За Фрименом!» (англ. «Follow Freeman!») — От командира повстанцев Гордон выяснит, что Барни ранен, и прижат снайперами на крыше, после этого высвобождает его. Гордон и Барни с повстанцами пробираются к базе Альянса, называемой «Нексус» (англ: Nexus), чтоб отключить генераторы силового поля, блокирующего проход к Оплота. Отряд томных боевых машин Альянса — треног-страйдеров атакует силы Сопротивления, но, с посильной помощью Гордона, их атака отбивается. Барни провожает Гордона в Оплот со словами: «Если узреешь доктора Брина — передай ему, чтобы он шел на хрен!» (англ. «If you will see Dr.Breen, tell him: F*ck you!») .

Глава 10: Нарушитель № 1 (англ. Anticitizen One, в другом переводе Основной нарушитель) — Странноватая проблема в оборудовании приводит к тому, что они прибывают в лабораторию Кляйнера, совершив межвременной переход в будущее, через недельку опосля отправления (хотя для Гордона и Аликс эта неделька кажется толиками секунды меж «еще здесь» и «уже там»). Гордон обнаруживает, что Сити 17 ввергнут в хаос и Сопротивление подняло восстание. Повстанцы, ведомые Гордоном, направляются к Оплота, чтоб высвободить Илая Вэнса. Фримен и повстанцы удачно пробивают для себя дорогу к Оплота, но спецсилам Альянса удается взять Аликс в плен, и ее увозят на транспортере.

Глава 9a: Завихрение (англ. Entanglement, в другом переводе Заграждение) (не редкая для Half-Life игра слов; слово entanglement обозначает также физический термин «квантовая запутанность»)

Глава 9: Нова Проспект (англ. Nova Prospekt) — В конце концов, проникнув в тюрьму, Гордон и Аликс отыскивают информацию о местонахождении Илая. В то время как Аликс скрытно пробирается к комплексу, где содержатся особо небезопасные заключенные, муравьиные львы помогают Фримену разобраться с охраной тюрьмы. В скором времени Гордон просачивается в укрепленный металлическими стенками и особо охраняемый комплекс D, где содержатся особо небезопасные заключенные. В то же время на помощь поредевшей от атак львов охране, приходит суровое подкрепление.

Глава 8: Песочные ловушки (англ. Sandtraps) — Гордон прибывает к «Точке Маяка», последующей базе Сопротивления, и помогает повстанцам отбиться от первых волн атаки сил Альянса, но потом бойцы все-же берут точку, и спасающий свою жизнь Фримен обязан продолжить свое путешествие уже пешком и в одиночку. Муравьиные львы прячутся под землей, и мельчайший шорох песка пробуждает к жизни их брутальные рои, так что Гордону приходится пробираться достаточно осторожно.

Глава 7: Шоссе 17 (англ. Highway 17, в другом переводе Дорога 17) — Гордон находит базу Сопротивления, атакуемую бойцами Альянса. Опосля отражения атаки с Гордоном связывается Аликс и докладывает, что Илай захвачен и находится в Нова Проспект, гос тюрьме серьезного режима, прося Гордона высвободить его.