Глава 6: «Мы не ходим в Рейвенхолм…» (англ. «We Don’t Go To Ravenholm…», в другом переводе Не идите через Ревенхольм… либо «В Ревенхольм не ходят») — Гордон скоро осознает, почему этот город заброшен: он заполнен паразитами-хедкрабами и зомби. Отец Григорий (полусумасшедший священник и, кажется, единственный незомбированный человек, живущий в Рэвенхольме) помогает ему выжить в жутком городке и приводит его к заброшенной шахте, ведущей в доки на побережье около Сити 17. По истории этот шахтерский городок был подвержен массовому обстрелу «крабснарядами». Доборная цель данного обстрела заключалась в том чтоб люди из отдаленных окраин перебрались в большие городка.

Глава 5: Восточная Темная Меза (англ. Black Mesa East) — Гордон прибывает на базу. Его встречает ассистентка Илая — Джудит Моссман. Она провожает Гордона вниз к Илаю. Потом Аликс вручает ему гравитационное устройство и указывает, как им воспользоваться. Гордон играет разряженной военной шаровой электроминой с роботом Аликс — Псом, оснащенным аналогичным манипулятором. В один момент база подвергается массированной атаке сил Альянса, и Гордону с Аликс приходится возвратиться вовнутрь. Обвалившийся в итоге ракетной атаки вертолета потолок отрезает Гордону путь назад, и ему приходится уходить через подземный туннель, ведущий в заброшенный шахтерский городок Рэвенхольм. Илая Вэнса арестовывают и посылают в тюрьму серьезного режима Нова Проспект.

Глава 4: Страшная вода (англ. Water Hazard, в другом переводе Радиоактивные воды) — аэроглиссер Гордона замечают патрули Альянса и отправляют в погоню несколько боевых вертолетов. Когда Фримен прибывает на промежную базу Сопротивления, вортигонт-механик монтирует на катер Гордона импульсный пулемет, благодаря которому Фримен избавляется от вертолетов и благополучно добирается до базы.

Глава 3: Через каналы (англ. Route Canal) — Пробираясь через городские каналы, преследуемый бойцами альянса Гордон находит базы Сопротивления, населенные правонарушителями, беженцами, повстанцами и вортигонтами, пришельцами из Зена, ставшими опосля семичасовой войны союзниками Сопротивления. Выбравшись на окраину городка Фримен находит лагерь повстанцев, где ему дают аэроглиссер (англ. Airboat), что дозволяет ему пересечь радиоактивные каналы.

Глава 2: Красноватый День Календаря (англ. A Red Letter Day, в другом переводе Великий день) — В лаборатории Гордон надевает новейший, улучшенный костюмчик пятой модели. Доктор Кляйнер решает, что Гордона лучше выслать в «Восточную Черную Мезу», секретную базу повстанцев, расположенную далековато за чертой городка на местности бывшей ГЭС, при помощи сконструированного им телепорта. Но из-за ручного хедкраба-питомца Кляйнера процесс телепортации проходит безуспешно, и Фримену приходится выбираться из городка пешком.

Глава 1: Прибытие (англ. Point Insertion, в другом переводе Место прибытия либо Точка внедрения) — Гордон Фримен прибывает в Сити 17 на поезде. Гражданин, ехавший с ним, говорит, что не увидел, как Гордон садился в поезд. На вокзале сотрудники Гражданской обороны не опознают Гордона и принуждают его пройти в комнату для допросов. Офицер, который был должен допрашивать Фримена, нежданно снимает маску, и Гордон выяснит в нем старенького друга Барни Калхуна, бывшего сотрудника охраны «Черной Мезы».