Сюжет

Сначала игры загадочный G-Man ментально будит Гордона и достаточно туманно намекает на вновь предстоящие «великие дела». Несколько секунд спустя Гордон оказывается в поезде, прибывающем в Сити 17, безоружный и без собственного защитного костюмчика, который служил ему верным ассистентом и не один раз выручал жизнь в первой части игры (при этом ранее G-Man говорил, что Фримен может бросить костюмчик для себя. Скоро обстановка начинает проясняться: Сити 17 находится под властью тоталитарного правительства, во главе которого находится админ, по фамилии Брин, прошлый управляющий научно-исследовательского центра «Черная Меза». Но Брин, в свою очередь, сам пешка в руках фаворитов могущественного всегалактического союза — Альянса. Портальные штормы, начавшиеся опосля погибели Нихиланта по всей Земле, завлекли внимание Совета Альянса, и скоро их войска атаковали Землю, начав войну, прозванную «Семичасовой», потому что опосля 7 часов войны Брин принудил оставшиеся силы людей сложить орудие, чем и заслужил покровительство Совета и стал полномочным председателем правительства на Земле. Сейчас войска Альянса фактически на сто процентов контролируют всю планетку, не считая только пары маленьких очагов сопротивления. Благодаря высочайшим технологиям население земли делает резкий скачок в развитии. Гордон, прибывший в город, лицезреет повсеместную их интеграцию. Часть спостроек изменена укреплениями из темного сплава. Местность патрулируют мобильные роботы-сканеры, следящие за обстановкой в городке. В городках работает организация «Гражданской обороны» — специально обученных людей, поступивших во внутреннюю полицию Альянса и лишившихся таковым образом части клеток мозга, замененного на микрочипы. Но самым ужасным средством убеждения правительства, вровень с промывкой мозгов и раскинутыми над городками полями угнетения цикла размножения, были синтетные боты — биомашины, уничтожающие все на собственном пути.